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據鄭肇經的統計,明代和清代前中期江南發生過7次特大水災和6次特大旱災(所謂“特大”水旱災,指受災面積超過江南地區的2/3,并且災情特別嚴重的水旱災)。其中發生在1644年以后的特大水災只有2次(1823、1849年),特大旱災則有3次(1679、1785和1814年)。由此可見,清代前中期江南重大災害的發生頻度比明代低。從對地方志中對于這些災害及其后果的描述來看,最為嚴重的水、旱災也都發生在明代(最嚴重的水災發生在1544-1545年,旱災則發生于1608年)。
而且,由于清代江南與外地的經濟聯系遠比明代緊密,如果遇到同樣程度的災害,清代江南人民可以從外地得到更多的生活資料來度過災荒,死于饑寒的人口比例肯定會降低。此外,由于災期可以得到衣食,災民身體抗御疾病的能力也相對較強,所以死于與災害有關的傳染病的可能性也會減少。從這些情況來看,自然災害不是清代前中期江南人口增長緩慢的主要原因。
伊懋可(Mark Elvi)認為傳染病流行可能是明清中葉中國人口增長的主要制約因素。明清中葉中國有記載的瘟疫流行中最嚴重的5次(1586-1589、1639-1644、1756、1786、1820-1822年),江南都未能幸免。19世紀中期上海人毛祥麟說:“我邑地狹人稠,(霍亂)互相傳染,甚有一家數人而同時告斃者,深可畏也。”江南人口稠密,城鎮人口多,因此傳染病很容易迅速大面積傳播并造成大量死亡。
從當時人的記述來看,對于江南影響最為嚴重的傳染病流行,應當是發生在1639-1644年的那次瘟疫。這次瘟疫與其他破壞性因素結合在一起,確實使江南的人口遭受了相當大的損失。但是以后的3次瘟疫所造成的人口損失,似乎并不很大。俞志高指出:清代前中期江南醫學在對于傳染病的機理、傳播方式的認識和治療方法等方面都取得了重大進步,從而形成了中醫著名的“溫病學派”。這一進步,對于瘟疫的控制以及瘟疫死亡人數的減少,可能起了重要的作用。總之,雖然瘟疫給清代前中期江南人口所造成的損失到底有多大,至今仍然不很清楚,不過看來還不足以嚴重影響江南的人口變化。